內政部都市計畫委員會於109年6月9日召開第970次會議，審議通過台北海洋科技大學陳情將其士林校區剔除社子島區段徵收整體開發範圍案。據臺北市政府地政局分析評估，該校剔除後，使社子島區段徵收之私有土地所有權人領回抵價地之價值增加，反而對該校以外的私地主是有利的。 

地政局表示，台北海洋科技大學在台北市政府補辦「變更臺北市士林社子島地區主要計畫案」公開展覽期間，陳情將其士林校區排除於區段徵收範圍外，因此提報內政部都市計畫委員會第970次會議再行討論。經市政府分析，該校地已劃設為文教區且指定供海科大使用，其校產之處分與校地之使用受到私立學校法及都市計畫法雙重管制，未來如該校辦理退場轉作他用，需視變更利得公平負擔回饋事宜，並循都市計畫法定程序辦理；且教育部基於保障學生受教權、學校培育人才永續發展及校地完整性，也支持將海科大排除於區段徵收範圍外，委員會參考過去各縣市政府辦理市地重劃或區段徵收等整體開發時，都將私立學校剔除的一致性作法，同意讓海科大士林校區剔除社子島區段徵收開發範圍。

地政局進一步指出，區段徵收的被徵收地主可領回多少價值的抵價地，主要是看可供所有地主領回的抵價地的價值總額這個餅有多大，另外則是各地主在這塊餅所占的比例是多少。其中供所有地主領回的抵價地的價值總額這個餅的大小，依土地徵收條例施行細則第50條規定，是由區段徵收範圍內可供地主選配的抵價地土地的平均單價乘以抵價地土地的面積而定。由於海科大所在的土地都市計畫劃定為文教區，因此當海科大納入區段徵收範圍時，文教區的土地也會是抵價地的一部分，其地價較低且面積大，就會拉低可供地主選配的土地的平均單價，所以抵價地總額這個餅反而變小了；同時海科大的加入，也會使得其他地主在這塊餅所占的比例降低。因此從地主領回抵價地價值的觀點，海科大剔除區徵範圍是對地主較為有利的。