為強化食品安全、落實食安政策，109年7月1日起臺北市果菜批發市場全面落實供應人實名制交易，凡進到批發市場交易的供應人，都必須提供身分資料，如未提供就不予拍賣交易。另外，進場果菜採樣後，使用新式質譜化學快檢技術檢驗，即可於20分鐘精確檢出農藥種類及濃度，倘若交易前質譜化學快檢不合格，除了立即扣留銷燬，亦會依據實名制即時追溯，積極要求農民用藥安全。
柯文哲今(27)日前往農產公司出席「實名制」及「質譜儀」執行成果記者會，並在會中視察實名制檢核操作、質譜化學快檢採樣、質譜化學快檢實驗室檢測
、檢測不合格產品銷毀等項目。
柯文哲在會後致詞時表示，大家都知道食安是一個重要的題目，但坦白講食安要進步，牽涉到整個文化的改變，沒有那麼容易。今天的成功有兩個因素，首先，將近兩年前開始推實名制，因為過去來農產批發公司賣東西是用代名，所以有時候檢查到農藥，也是化名，不知道生產者是誰，後來要求跟身分證字號要串聯，這是很漫長的過程。
一開始臺北農產公司先用鼓勵的方式，如果農友願意實名制就可以優先拍賣，慢慢加入的農友越來越多。到今年7月1日開始，因為比例夠高，改為強制方式，也就是如果沒有實名制，不准在臺北農產公司販賣，一旦抓到不合格，馬上可以找到生產者，通知當地農會，抓到一次，停止供貨10天；抓到2次，停止供貨1個月；第3次就永久除名。因為實名制出現，對農友產生壓力，但這不是為了處罰，是為了管理。
柯文哲說，以前管理鬆散，所以10年來對農藥過量沒辦法有效處理，現在採用實名制之後，可以更有效檢查。購買質譜儀是720萬，除了購買機器，還要訓練操作人員，並使實驗室通過認證，這個部分他很感謝農委會藥毒所給予的協助。
目前整套標準程序還要整個長期的試驗，這也可以提升臺灣生技產業、ICT的綜合實力，未來或許也可以檢驗瘦肉精殘留。最後他再次感謝翁震炘總經理兩年的辛苦，過程中承受很大壓力，也謝謝黃向羣董事長到處協調，推實名制非常困難，但走的每一步都是為了給人民、食安更好的保障。