因疫情關係，大稻埕碼頭貨櫃市集業者於110年5月21日自主性暫停營業，後因疫情微解封後，業者申請恢復營業，依規定現階段僅提供外帶，市府將督促業者配合「中央流行疫情指揮中心」相關公告及指引進行營運，也呼籲前往休憩民眾務必遵守防疫規定，勿群聚飲食。

水利處表示，大稻埕碼頭貨櫃市集於疫情微解封恢復營運後即依規定要求僅提供外帶，現場亦依規定實施實聯制及人流管制，廠商在現場設置僅提供民眾休憩使用的桌椅上均張貼有相關公告禁止飲食，惟近日發現仍有未遵守規定群聚飲食情形，為避免類似情事再次發生，已要求業者將座椅全數收起，場域內各商家張貼「僅提供飲料及食品外帶、不得現場飲食」警語，並要求營運廠商現場派員加強宣導，請至河濱公園休憩之民眾務必配合，公共場合應全程戴上口罩做好防疫基本措施，餐飲亦請外帶回家再享用，水利處將派員加強巡視取締，以避免民眾違反相關防疫規範。