因應新冠肺炎疫情嚴峻，全國三級警戒延至6月14日，社會局為落實防疫措施，轄內社區長照機構於三級警戒期間暫停服務，如有特殊個案須提供日照服務時，室內空間不可超過5人。6月3日民眾反應新營某社區長照機構於疫情期間每天早晚仍接送10多名長者提供服務，社會局立即派員前往現場調查，經現場查核並調閱監視攝影機畫面後，未發現有違反防疫規定情事。 
 社會局表示，經人員現場查核並調閱監視攝影機畫面，發現該機構於疫情三級期間仍有提供服務，惟於機構內之照服員與長輩人數合計，每日均未超過5人，尚無違反室內空間人數限制之規定。社會局表示，已於5月21、27日二次發文通知本市社區長照機構，為因應疫情自5月21日起暫停服務，並提醒機構暫停期間如原服務對象有特殊情形須提供日照服務時，室內空間不可超過5人，且須做好完整防疫措施，並需函知社會局。經查該社區長照機構並未函文向社會局提報特殊個案，社會局將給予以記點處分。社會局再次提醒本市社區長照機構，切勿違反相關規定，經查違反情事屬實經處分記點，累滿後將終止特約。 
 社會局表示，在新冠疫情不斷升溫的同時，除要確保各項福利工作順利進行外，更謹慎戒懼的將長輩們的安全放在第一位，社會局全力配合中央疫情指揮中心的防疫指示，暫停社區式長照機構服務，並積極媒合其他服務，使長輩的照顧服務需求不至中斷，讓臺南市的長輩們在疫情下仍可獲得充滿溫馨的服務。