為因應司法院釋字第779號有關非都市土地經編定為交通用地，未能免徵土地增值稅，有違憲法平等權之解釋意旨，臺南市政府財政稅務局主動就108年7月5日大法官解釋之日起至110年6月23日修法完成前之案件，積極輔導納稅義務人申請復查，總計其轄內共有524件。中央各部會於110年8月12日始修訂完成相關合憲法規，該局將儘速協助民眾依法辦理退稅，以維護民眾權益。日前外界質疑遲未退稅乙案，該局強調依法退稅有一定的法制作業需時辦理，目前該案之需用土地機關善化區公所已核發供公共設施使用證明書，全案溢繳土地增值稅將依規定辦理退稅，並無苛扣不予退稅情事。 
   
 財政稅務局說明，財政部於110年6月23日修正土地稅法第39條第3項，非都市土地只要符合依法得徵收、供公共設施使用、完成使用地編定並依110年8月12日訂定之「非都市土地供公共設施使用認定及核發證明辦法」，取得需用土地機關核發之「非都市土地供公共設施使用證明書」等4要件，於移轉時就可申請免徵土地增值稅。有關非都市公共設施使用土地大抵為交通用地，為加速上述該類交通用地證明書之核發，臺南市政府於去年12月14日邀集相關單位開會研商，就「道路未開闢部分」、「村里聯絡道路」及「核發證明書之分工」等事項統一認定原則，以提高核證作業效率。 
   
 
該局進一步說明，為方便民眾瞭解非都市公共設施土地免徵土地增值稅修法情形，該局網站特別設置「非都公設地移轉免徵土增稅專區」提供相關資訊，請民眾多加利用。以編定為交通用地之需用土地人為例，「國道」可向交通部高速公路局申請核發證明書；「省道」為公路總局第五區養護工程處；臺南市所屬「大區道」及「市道」為臺南市工務局；「區道」及「村里聯絡道」為臺南市各區公所。