早在2010年10月，時任交通部部長毛治國即裁示高鐵延伸屏東線不與台鐵共軌，後續未留路廊供高鐵進入高雄車站。如果高鐵需重新進入高雄車站，須將已完成鐵路地下化的綠園道重新開挖，施作高鐵隧道，粗估需花14年規劃及施工，且車站商圈須拆遷65棟大樓，另鳳山車站至高屏溪須拆遷200餘棟，施工並將嚴重衝擊市區發展，故重新進入高雄車站案已不可行。

交通局表示，高雄鐵路地下化全長15.37km，台鐵於2018年10月14日切換至地下隧道營運，平面園道已於2021年完工開放市民使用，倘高鐵南延經園道進入高雄車站，交通部鐵道局評估將衝擊高雄車站西側及跨高屏溪引道段致使民宅拆遷，影響市民生活甚鉅。

交通局說，綜合考量高屏地區發展需求，行政院依據國土發展計畫核定高鐵南延路線，且仁武區路段路線，亦將降低市區路段沿線土地、廠房之衝擊納入評估，並採行高屏第二快速道路路廊共構，以縮小工程經費規模、減少環境影響，是屬適當的決策方案原則。
 
交通局說明，高雄車站兩翼客運及公車轉運站與天棚已近工程尾聲，預計將於2024年完工。如再度開挖、二次施工將影響高雄車站商圈再造與復甦，勢必再度衝擊高雄車站周邊商業活動。

另依統計資料，近期高雄車站每日有近8萬人次旅客轉乘，亦可經由捷運紅線轉乘高鐵左營站，兩站行車時間約為7-8分鐘(5站)，俟高雄車站站區完工後，未來將可形成符合市民期待的商業核心區。