有關媒體報導臺北捷運萬大線施工導致地層下陷嚴重，自來水漏水捷運不聞不問，施工單位敷衍帶過，使得地層持續下陷，且工地環境也雜亂無章，負責此區域監造的臺北市政府捷運工程局第二工程處(以下簡稱二工處)澄清表示，捷運工區範圍開挖區域均鋪設改良式覆工版，路面摩擦力良好且平整，路側及前後進入覆工鈑界面亦平整銜接，施工廠商每日均進行路面巡檢並做成紀錄，若發現路面不平整或坑洞，就會進行修補，本次發生的道路沉陷，施工廠商於5月28日下午約5點接獲訊息後，即現場查勘並判斷確有立即修復之必要後，聯絡及備妥相關施工機具約於當晚6點封閉道路沉陷範圍後開挖路面，以進行路基修復、夯實後，並於5月29日凌晨完成道路臨時復舊開放通車；且安排於6月2日凌晨出動銑刨機將路面刨鋪整平，整體作業迅速積極無怠慢。經檢視所有監測儀器皆在安全管理值內，並無異常。
二工處進一步說明，5月28日發現道路沉陷當天，並無未發現有自來水漏水情形，而是於5月30日發現有自來水漫入工區後，二工處協請本府自來水事業處進行漏水查修，並無媒體報導漏水6日，捷運局不聞不問之情形，且自來水事業處人員於接獲二工處通知後，亦積極探測漏水點，受限車流量噪音及下雨等因素，於6月1深夜進行探測，並於6月2日進場，現(3日)已完成止漏修復。
另針對有民眾投訴工地環境雜亂、工人在乙炔鋼瓶旁抽菸有危險疑慮。二程處說明，工地入口旁就是施工人員休息區，供作業人員吃飯、抽菸，導致民眾誤解工地管理鬆散，二工處將再與施工廠商研究施工人員休息區及氧氣乙炔放置區域等設置是否合宜，並加強人員管理。