本局實驗室為了提升公共衛生及檢驗品質，並強化檢驗量能，醫學檢驗及食品化學檢驗，持續參加能力試驗，ISO15189國際認證及TFDA之認證，以達檢驗結果之正確性及執法之公信力。目前本局醫學檢驗項目包含:梅毒及愛滋，此方法主要以酵素免疫分析法(EIA)、顆粒凝集法(PA)檢測抗體的方式，測定體內是否有感染愛滋病毒。而食品化學檢驗包含:動物用藥(氯黴素4項)、食品添加物(防腐劑12項、甜味劑4項、亞硝酸鹽、漂白劑等檢驗項目)、食品微生物(大腸桿菌、大腸桿菌群等)(如圖)，此檢驗方法依據TFDA之公告方法進行檢測。
為共同打造苗栗縣健康幸福城市，本局爭取108年度(2-1期)「前瞻基礎建設-強化衛生單位食安稽查及檢驗量能計畫」，將修繕微生物實驗室提升生物安全等級，進而提升檢驗品質及量能，為苗栗縣之縣民健康做好把關。

微生物及醫學檢驗項目

食品添加物及動物用藥檢驗項目