苗栗縣政府衛生局亦由原本中區(包含苗栗縣政府、台中市政府、南投縣政府、彰化縣政府、雲林縣政府等五縣市)聯合分工檢驗體系轉納入全國食品聯合分工檢驗體系，專責於氯黴素類動物用藥殘留檢驗，受理全國其他縣市每個月送驗的檢體，並將檢驗數據與結果以實驗室資訊管理雲端系統即時轉匯給相關衛生局，而本局委託其他縣市政府衛生局之檢體，其檢驗資訊回傳至本縣之模式亦同，如此形成聯合分工檢驗體系(圖二)。
全國聯合分工專責檢驗項目涵蓋食品安全的多項檢驗，例如農藥殘留、動物用藥、重金屬、食品添加物、非法定物質等32類，皆依據衛福部公告之檢驗方法落實品保確效，對不肖食品業者裁罰，以保障民眾身體健康。
為共同打造苗栗縣健康幸福城市，本局同時在已具備扎實根基的多重殘留分析(48項)、硝基呋喃代謝物、四環黴素類、抗原蟲劑類等四大類動物用藥檢驗技術上，新增食品中防腐劑(12項)、甜味劑(4項)、漂白劑(1項)等三大類共17項檢驗項目，並著手建置著色劑(24項)、保色劑(1項)、硼酸等三大類共26項檢驗項目，以期民眾買得放心、吃得安心。
