農糧署表示，目前收到的農業災損統計達3.6億，因為台南目前仍有多處積水未消，無法提報災情狀況，因此未來可能會持續增加。此外，台南市佔了國內高粱栽種量的6成，其中學甲區農會佔了1100多公頃，因此高粱在這次水災中也受到嚴重衝擊，希望農業部能讓農民申請農業保險理賠。
學甲區農會總幹事李曉軍指出，學甲區高粱栽種區中，學甲農會就佔了110公頃。但從目前狀況來看，未來高粱授粉勢必受到影響難再結實；但由於農業補償只限於自然人申請，農會是法人難受補助，希望中央能協助農會填補災損。
賴惠員表示，除了高粱作物以外，溪北地區的魚塭及蓄牧業也受到嚴重打擊，位處低窪地區的豬、雞等傳統場房，飽受淹水之苦，希望卓院長也能針對畜牧業提供相關協助，並期盼儘速修繕農水路設施。
此外，溪北地區即將進入採收期的綠竹筍、文旦，剛種植的二期稻作、和其他如洋香瓜、椪柑、龍眼、荔枝作物今年均難以收成。
林俊憲指出，凱米颱風造成災害事態嚴重也緊急，農作物損害應全面、全品項補助。
賴惠員、林俊憲、郭國文、陳亭妃等立委都呼籲，中央政府應儘速研擬相關措施協助農民復耕，讓第1線農民正常生產，維護農民生計。
卓榮泰院長表示，感謝台南市長黃偉哲及民意代表親自坐鎮反映地方狀況，儘速回應各地需求。災後行政院除了會檢討排水系統是否不足外，也會要求農業部在農損狀況認定上，儘量從寬認定並簡化流程，儘速讓農民獲得補助以及減少損失。
