國軍在這波武漢肺炎防疫措施任務多元，除本身營區防疫措施外，還有派兵支援口罩生產。國防部發言人史順文表示，國防部接收到中央流行疫情指揮的指示，會在經濟部工業局的規劃下，到口罩工廠與廠商完成會勘和協調。
目前武漢肺炎疫情在台灣是屬於受控的狀況，但會否影響我國與各國間的軍事交流，包括我小部隊赴美協訓、星光部隊來台等，軍方還在評估觀察中，3月將是觀察指標。目前未聞駐華使節團有任何撤離措施。