災害防救深耕計畫係內政部為提昇各縣市及鄉鎮市區公所災害防救能力所推動之中程計畫，尤以建立基層之鄉鎮市區公所各種災害防救軟硬體為主要目的。本市自99年內政部開始推對災害防救深耕計畫起即皆獲選為第一梯次執行縣市，第1期計畫第一梯執行之99~101年，本市更3年皆獲評鑑特優殊榮。
災害防救深耕第2期計畫本市於103~105年執行，103年評鑑本市獲優等，公所桃園區、中壢區獲優等，蘆竹區則獲特優。104年評鑑本市獲特優，公所大溪區、平鎮區及龍潭區皆獲特優，於全國各縣市中皆獲特優實屬難得，表示本市對於災害防救工作的努力深獲中央肯定，市府與區公所同仁將繼續努力做好防救災工作。
頒獎典禮於105年7月27日假臺大醫院國際會議中心併「105年度直轄市、縣(市)首長災害防救交流分享座談會」辦理，並由行政院林全院長親自授獎，本市則由游副市長建華代表領獎。頒獎後內政部特別說明新政府對整體災害防救業務的規劃，提醒未來防災工作特別注意事項，並請臺南市政府針對0206震災處理實施經驗分享，希望藉此座談會讓各縣市首長彼此交流災害應變經驗，提升縣市層級防災能量，同時也達到強化鄉鎮市區災害防救作業的效能。