鐵路地下化工程用地變更及徵收，民眾向媒體投訴5場說明會都沒告知，是黑箱作業，市府都發局澄清，5場都市計畫變更公展說明會皆有逐戶發函通知，且現場均主動說明，無所謂黑箱作業。
都發局解釋鐵路地下化計畫的中央地方合作分工方式，交通部鐵道局負責工程規劃，都市計畫用地變更則由市府負責，且須按「鐵路平交道與環境改善開發建設計畫審查作業要點」，即交通部將地下化綜合規劃計畫報行政院之前，地方政府須先完成都市計畫用地變更草案及提送市都委會審議，因此，市府必須提前在108年2月，根據鐵道局規劃的工程用地範圍擬定都計變更草案，並且公開展覽。
市府都發局表示，涉及用地變更徵收的民眾皆以掛號發函通知，說明會現場亦有鐵道局同仁負責說明工程徵收範圍，總共辦理5場說明會，其中中壢場次當天亦有受通知民眾到場，市府沒有黑箱作業。
都發局替鐵道局解釋說，比對103年高架化階段通過的都市計畫，當時中山東路段的鐵道兩側皆需徵收土地及拆遷建物，民眾也都知情。
鐵路改地下化後，鐵道局107年原本採兩側佈設臨時軌及中間地下永久軌半半施工方式，鐵路兩側民地仍需徵收，至108年鐵道局仔細評估施工可行性，發現兩側臨時軌方案無法騰出足夠安全的永久軌連續壁施作空間，故調整臨時軌全部配置於海側（中山東路側），如此可直接一次完成地下永久軌，施工過程不須切換軌道，工期縮短，且山側民地減少徵收，建物拆除總量也會變少。
由於工程徵收範圍變動，市府都市計畫也就跟著調整，全案都市計畫必須再ㄧ次公開展覽，並且通知地主參與說明會，109年9月辦理公開說明會中也主動告知民眾有增加用地徵收範圍，程序並無問題。
都發局表示，鐵路改為地下化對桃園的都市發展絕對有正面效果，兩側土地利用價值也會提高，但對於中山東路單側增加工程範圍，以及因108、109年兩次公展內容建物拆遷範圍變動而抱怨的民眾 ，這是可理解的，也為推動重大交通建設影響民眾生活感到抱歉。
基於施工限制變更工法，因此調整用地徵收範圍也是必須的，鐵道局也已充分說明屆時受影響的建物拆遷補償及土地徵收補償辦法，希望民眾能夠諒解與支持。