「國安三法」中，《兩岸人民關係條例》修正，明定兩岸協商簽署政治協議，應經國會雙審議及人民公投。《國家機密保護法》修正，若向中國、外國、境外敵對勢力洩密者，最高可處有期徒刑15年以下之重刑。《刑法》修正則將共諜納入外患罪章規範，若洩密予中國等敵國，處3年以上、10年以下有期徒刑，在戰時洩密最重可處死刑。
為了再加強共諜防範，立法院並通過《國家安全法》修正草案，修法重點為提高「為大陸地區發展組織罪」刑責。
修正條文明確定義台灣民眾不得為外國、大陸地區、香港、澳門、境外敵對勢力等提供協助，包括發起、資助、主持、操縱、指揮或發展組織；洩漏、交付或傳遞，以刺探或收集關於公務秘密的文書、圖畫、影像、消息、物品或電磁紀錄。
修正條文規定，為大陸地區發展共諜組織者，從過去的5年以下，大幅調高為刑度加重為7年以上有期徒刑，得併科5000萬至1億元罰金。為大陸地區以外之境外敵對勢力發展組織者，刑度提高為3-10年有期徒刑，得併科3000萬元以下之罰金。發展組織之資金或財產得以沒收。
對於現職或已退的公務人員（軍、公職人員、含國營事業），擔任共諜經判刑確定後，喪失其請領退休給與之權利，已支領者，應以實行犯罪時開始追繳。